大掌门2剧情线存在双大结局体系，核心隐藏大结局为“不戴金箍的真大结局”，需完成全章节隐藏前置并在第六章先击败二郎神再挑战大圣才可触发，除了这些之后还有少量分支隐藏大结局和剧情彩蛋。

触发核心隐藏大结局的决定因素在于前置隐藏关卡的全解开，缺一不可。第二章需通过黄袍员外触发斯哈哩国支线，完成后获取定风珠；第三章找到翠笠武师开始弥勒佛瓜田支线，通关习得禁字法；第四章两次击败黑手道人，分别在盘丝洞和黄花观触发，解开紫云山隐藏地图并拿到绣花针；第五章由皓斧力士引导完成碧水洞支线，打通第五章隐藏途径。这些隐藏关无固定顺序，但全部完成后才能解开第六章的决定因素隐藏剧情入口。

进入第六章后，切勿直接前往花果山挑战大圣，这是触发普通大结局的路线。正确流程是先前往小西天浮屠塔，此时塔内壁画会全部激活，弥勒佛现身开始隐藏剧情，随后进入梅山地图挑战二郎神及四大天王。这场战斗难度较高，需组合高爆发阵型和控制技能，优先集火二郎神，规避其天眼技能的高额伤害，击败后会解开唯一剧情动画和成就。

击败二郎神后，返回花果山通过螳螂传送点前往水帘洞，挑战最终BOSS大圣。此时剧情会发生决定因素转折，大圣马上戴上金箍时会清醒挣脱，解开隐藏大结局唯一动画，片尾曲变更为未竟，和普通大结局的敢问路在何方形成鲜明不同差异。一周目可实现双大结局通关，先打大圣触发普通大结局，选择继续游戏不进入二周目，再按流程击败二郎神并重打大圣，即可一次性解开两种大结局和对应成就。

除核心隐藏大结局外，游戏还存在少量分支隐藏大结局和剧情彩蛋。第三章地宫支线中，和玄极对话选择特定选项、袁洪对话达成好感度阈值后，会触发“复苏”隐藏大结局；部分支线中选择不击杀特定BOSS（如红孩儿），会解开唯一剧情CG，这类彩蛋虽不影响主线大结局，但能补充剧情细节，解开额外冒险积分和道具奖励。